JWHOIS는 보통 `jwhois.conf'라고 불리는 설정 파일을 통해 설정을 변경할 수 있다. 이 파일은 컴파일 작업 때 지정할 수 있는 sysconfdir 디렉토리에 포함되어 있다. (대부분의 시스템에서 기본값은 `/usr/local/etc/' 이다.)
만일 설정 파일이 없다면, JWHOIS는 쿼리의 기본값을 whois.internic.net으로 할 것이다.
대부분의 알려진 Whois 서버를 포함하는 예제 설정 파일은 공식 배포판에서 example
하위 디렉토리에 있다.
설정 파일은 여러 블럭으로 나뉘어 있으며, 각 블럭은 다음에서 설명되는 여러가지 다른 옵션들을 갖고 있다. 배포판에 포함되어 있는 예제 설정 파일을 통해서 그 문법을 개괄적으로 이해할 수 있을 것이다.
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